ASxNSYSU | 2022 Taiwan Marine Bioinformatics Practical Workshop

中研院x中山 | 2022 台灣海洋生物資訊實用工作坊

時間地點:

  • 12/07 (三) 14:00–16:00 | 中研院生化所 209

  • 12/08 (四) 09:00–17:00 | 中研院跨領域 A303


參加單位:

  • 中央研究院細胞與個體生物研究所 (中研院細生所)

  • 中央研究院生物多樣性研究中心 (中研院生多中心)

  • 國立中山大學海洋生物科技暨資源學系 (中山海資系)


課程講者:


課程助教:

  • Isabel Liao | 中研院生多中心


參加人數:

11 人 (研究助理x5, 碩士研究生x3, 博士研究生x1, 博士後研究員x2)

課程表

詳細課程表:https://sgel.biodiv.tw/program

時間 課程內容

12/07 (三) 14:00–16:00

Basic Linux command

12/08 (四) 09:00–12:00

Introduction

Working environment (Linux server)

Bulk RNA-seq (corallimorpharian algal-infection dataset)

de novo assembly, assembly statistics

Read mapping

Lunch break (lunch boxes)

12/08 (四) 13:00–17:00

Python and programming basics

Single-cell RNA-seq (coral larval settlement dataset)

Differential gene expression

Gene annotation

Gene set enrichment analysis

Notes:

課程資料

實作講義 (乙君):

Crash Course: Object Oriented Programming (Isabel)

數據資料

NCBI BioProject

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA516370


練習資料 GitHub:

https://github.com/MeiFangLin/TW_bioinfo_2022


The subset for assembly (Illumina HiSeq 2500)

  • Control-1: SRR8470268. Control_stage3 (F2R3)

  • Control-2: SRR8470253. Control_stage3 (C2R3)

  • ExperimentC-1: SRR8470259. ExpC_stage3 (E1R3)

  • ExperimentC-2: SRR8470256. ExpC_stage3 (D2R3)

  • ExperimentD-1: SRR8470262. ExpD_stage3 (E2R3)

  • ExperimentD-2: SRR8470265. ExpD_stage3 (F1R3)

Complete set for DGE

  • GSE125433_allCounts_S003.txt

Full assembly (nucleotides)

  • Transcriptome_c1_k6.fasta

Full assembly (amino acids)

  • Transcriptome_c1_k6.fasta.transdecoder.pep

參考資料

常用程式

封面圖片 | 生命構成第一號:海星第一染色體 (Life Composition I: Starfish Chromosome 1)

我們的生命是由能量所構成,這些能量的聚集產生了數位訊息,以化學結構的方式儲存,我們稱之為遺傳密碼,也就是我們熟悉的 DNA。 DNA 由四個密碼字母 A、C、T、G 所構成,在人類細胞裡,這些密碼濃縮記錄在 23 對染色體上。DNA 的存在讓所有生物可以在宇宙這能量場中相互傳遞訊息與能量,成為感受平靜與溫暖的載體。藉由先進的基因定序技術,我們可以讀取這些密碼字母,從中了解到生命能量流動與演化的過程。

這一幅作品呈現了英國達爾文演化樹定序計畫中海星 (學名 Asterias rubens) 的第一染色體,藍色圓點顯示了基因的「GC 含量」,而黃色圓點則顯示了 「跳耀基因水平」。看似無序,但是「GC 含量」和「跳耀基因水平」與基因表現的調控有直接的關係,在這看似無序的圖形之下,生命有其極精密的運作秩序。

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