時間地點：

• 12/07 (三) 14:00–16:00 | 中研院生化所 209

• 12/08 (四) 09:00–17:00 | 中研院跨領域 A303

參加單位：

• 中央研究院細胞與個體生物研究所 (中研院細生所)

• 中央研究院生物多樣性研究中心 (中研院生多中心)

• 國立中山大學海洋生物科技暨資源學系 (中山海資系)

課程講者：

• 呂在明 | 中研院細生所 | Lab website

• 林梅芳 | 中山海資系 | Lab website

• 駱乙君 | 中研院生多中心 | Lab website

課程助教：

• Isabel Liao | 中研院生多中心

參加人數：

11 人 (研究助理x5, 碩士研究生x3, 博士研究生x1, 博士後研究員x2)

詳細課程表：https://sgel.biodiv.tw/program

時間 課程內容

12/07 (三) 14:00–16:00

Basic Linux command

12/08 (四) 09:00–12:00

Introduction

Working environment (Linux server)

Bulk RNA-seq (corallimorpharian algal-infection dataset)

de novo assembly, assembly statistics

Read mapping

Lunch break (lunch boxes)

12/08 (四) 13:00–17:00

Python and programming basics

Single-cell RNA-seq (coral larval settlement dataset)

Differential gene expression

Gene annotation

Gene set enrichment analysis

Notes:

• 課程接束後請將實作筆記放到 Google Drive 與大家分享 | https://drive.google.com/drive/folders/1jKLbcz7CNzCPNo2_4HXDFNSrWmGhVw1u

• 課程結束後請在 Google Forms 提供本次工作坊的反饋與意見 (課後問卷調查)

• Introduction to Linux command-line interface (在明) | https://drive.google.com/file/d/1TVxwS_Te4OQ57vHN-A09YTenDCKYBzQG/

• 課程投影片 (梅芳) | https://docs.google.com/presentation/d/1llchmblmDYeUA1Nv9lCj_GLyOLfOIkda/

• Evernote 常用 markdown 語法 | https://sgel.biodiv.tw/markdown

實作講義 (乙君)：

• 實作 1 | 登入實驗室伺服器 Login to the lab server | https://sgel.biodiv.tw/01_login

• 實作 2 | 轉錄體組裝與註解 Transcriptome assembly and annotation | https://sgel.biodiv.tw/02_assembly

• 實作 3 | 定序序列比對 Mapping reads | https://sgel.biodiv.tw/03_mapping

• 實作 4 | 基因本體分析 Gene ontology analysis | To be released upon request

Crash Course: Object Oriented Programming (Isabel)

• 投影片 | https://docs.google.com/presentation/d/1_nk6c4l0taTgYChH51ErAJPjZr-1Ndi1KSkklR8jxTo/

• PDF 講義 | https://drive.google.com/file/d/1q39OA3zPwiOlfi5YLCCOnRPPOexF0zcn/

NCBI BioProject

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA516370

練習資料 GitHub：

https://github.com/MeiFangLin/TW_bioinfo_2022

The subset for assembly (Illumina HiSeq 2500)

• Control-1: SRR8470268. Control_stage3 (F2R3)

• Control-2: SRR8470253. Control_stage3 (C2R3)

• ExperimentC-1: SRR8470259. ExpC_stage3 (E1R3)

• ExperimentC-2: SRR8470256. ExpC_stage3 (D2R3)

• ExperimentD-1: SRR8470262. ExpD_stage3 (E2R3)

• ExperimentD-2: SRR8470265. ExpD_stage3 (F1R3)

Complete set for DGE

• GSE125433_allCounts_S003.txt

Full assembly (nucleotides)

• Transcriptome_c1_k6.fasta

Full assembly (amino acids)

• Transcriptome_c1_k6.fasta.transdecoder.pep

• RNA-seq 分析流程 https://biocorecrg.github.io/PHINDaccess_RNAseq_2020/

• FASTQC: https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

• Trimmomatic: http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic

• Trinity: https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki

• Assemblathon: https://assemblathon.org/

• CD-HIT: https://sites.google.com/view/cd-hit

• EMBOSS: https://emboss.sourceforge.net/

• TransDecoder: https://github.com/TransDecoder/TransDecoder

• Kallisto: https://pachterlab.github.io/kallisto/

• Salmon: https://salmon.readthedocs.io/en/latest/index.html

• BUSCO: https://busco.ezlab.org/

• GO_MWU: https://github.com/z0on/GO_MWU

• GSEA: https://www.gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp

封面圖片 | 生命構成第一號：海星第一染色體 (Life Composition I: Starfish Chromosome 1)

我們的生命是由能量所構成，這些能量的聚集產生了數位訊息，以化學結構的方式儲存，我們稱之為遺傳密碼，也就是我們熟悉的 DNA。 DNA 由四個密碼字母 A、C、T、G 所構成，在人類細胞裡，這些密碼濃縮記錄在 23 對染色體上。DNA 的存在讓所有生物可以在宇宙這能量場中相互傳遞訊息與能量，成為感受平靜與溫暖的載體。藉由先進的基因定序技術，我們可以讀取這些密碼字母，從中了解到生命能量流動與演化的過程。

這一幅作品呈現了英國達爾文演化樹定序計畫中海星 (學名 Asterias rubens) 的第一染色體，藍色圓點顯示了基因的「GC 含量」，而黃色圓點則顯示了 「跳耀基因水平」。看似無序，但是「GC 含量」和「跳耀基因水平」與基因表現的調控有直接的關係，在這看似無序的圖形之下，生命有其極精密的運作秩序。